Créée en 1978 sous le nom de Ballet Théâtre de l'Arche par Maguy Marin et Daniel Ambash, la compagnie conquière son identité en remportant successivement les premiers prix des Concours Internationaux de Chorégraphie de Nyon (1977) et de Bagnolet (1978).

Depuis, et grâce au soutien du Ministère de la Culture, la compagnie a pu créer de nombreux spectacles et les présenter en tournée en France et à l'étranger.

Depuis 1981, la compagnie est implantée à Créteil où elle bénéficie du soutien de la municipalité et du Conseil Général du Val de Marne. Les créations de la compagnie sont présentées à la Maison des Arts de Créteil.

La Compagnie Maguy Marin connait la consécration nationale et internationale grâce au spectacle May B., inspiré de l'oeuvre de Samuel Beckett, dont la 350e aura lieu le 25 décembre 1994 à Tapei (Taiwa).

De plus en plus ouverte sur l'étranger, la compagnie s'est produite depuis 1978 dans de nombreux pays : Allemagne, Argentine, Australie, Autriche, Belgique, Brésil, Canada, Chili, Colombie, Danemark, Espagne, Etats-Unis, Finlande, Grèce, Hongrie, Islande, Israël, Italie, Mexique, Nouvelle Zélande, Japon, Pays-Bas, Pologne, Portugal, République Fédérale d'Allemagne, République Tchèque, Suède et Suisse.

La Compagnie Maguy Marin est subventionnée par le Ministère de la Culture et de la Communication, la Ville de Créteil et le Conseil Général du Val de Marne. Elle est également soutenue par l'Association Française d'Action Artistique pour ses tournées à l'étranger.